Naruto Shippuden merupakan kelanjutan dari seri asli Naruto. Setelah 2 setengah tahun dalam pelatihan dengan gurunya, Naruto akhirnya kembali ke desanya Konoha. Naruto sekarangterlihat lebih tua dan lebih dewasa dari sebelumnya. Dengan kemampuan yang baru dilatih nya, tujuannya untuk mencari teman lama hilang yaitu Uchiha Sasuke, Keinginanya lebih kuat dari sebelumnya. Dia menempatkan ambisinya untuk bekerja bersama dengan bantuan dari teman-temannya, meskipun dengan begitu banyak rintangan di depannya. Sekarang, dia akan menghadapi bahkan lebih berbahaya musuh, terutama Akatsuki.